Ma la mano dell`uomo, l`avvicendarsi delle civiltà e la necessità di impiantare attività produttive necessarie allo sviluppo della razza umana ha lasciato anche ferite profonde sul territorio splendido e fragile dell`Arcipelago Toscano, alterando profondamente la flora e la fauna originarie. Nonostante questo il territorio del parco marino più grande d`Europa, costituito nel 1989 con il fine specifico di salvaguardare gli ecosistemi presenti, costituisce ancora oggi un rifugio per la flora e la fauna e si presenta come importantissimo elemento di raccordo tra l`area corso - sarda e la penisola italiana.

Per il rifugio offerto a molte specie in migrazione tra l`Europa e l`Africa, che nei territori del parco sostano e nidificano, il sistema delle isole toscane è probabilmente il più importante corridoio faunistico dell`intero bacino del Mediterraneo. Quello dell`Arcipelago Toscano, che si estende su 60.000 ettari di acque protette e 18.000 ettari di terre emerse, è l`unico parco europeo costituito da sole isole, la più estesa area protetta dei mari d`Europa.
Gli interventi di salvaguardia pur non potendo rimettere indietro l`orologio biologico di queste terre, per riportarvi le tante specie floreali e animali che ormai l`hanno abbandonato per sempre, permettono comunque di tutelare quel che si è salvato, di proteggere le specie presenti e favorirne la riproduzione. Un po` più fortunata la vicenda di Montecristo, visto che qui il "cartello" di riserva naturale biogenetica venne apposto già nel 1971, limitando l`accesso ai ricercatori e a un numero limitato di turisti che devono comunque affidarsi a visite guidate.
Anche Pianosa ha visto le sue acque protette fin dal 1979, grazie all`istituzione di una riserva naturale marina per la salvaguardia dell` habitat che obbliga le imbarcazioni a tenersi ad una distanza di almeno mille metri dalle coste.
Tutte le coste di Gorgona sono considerate parco protetto, eccezion fatta per la ristretta area che circonda il porticciolo. Inutile dire che per godersi le meraviglie naturalistiche dell`arcipelago la scelta migliore è quella di visitarlo fuori dai periodi di eccessivo affollamento, in primavera e in autunno quando veleggiando al largo delle coste, con un po` di fortuna, potrete anche godervi l`incontro indimenticabile con i delfini e i tursiopi che giocano a seguire le imbarcazioni.