Il clima delle isole toscane è straordinariamente mite e gentile, di tipo subtropicale e quindi caratterizzato da estati calde e inverni molto umidi.
Le piogge sono piuttosto irregolari e spesso durante la stagione estiva si registrano prolungati periodi di siccità, mentre negli inverni particolarmente freddi può capitare di vedere le cime dei monti imbiancate da un leggero manto di neve che si scioglie dopo poche ore.
I venti, soprattutto nelle isole minori, svolgono un'indispensabile funzione di disseminazione e di omogeneizzazione delle specie vegetali ed è infatti probabile che le forti libecciate siano responsabili della diffusione a Capraia di piante originarie della Corsica e della Sardegna.